Website tracks swine flu across the US in near-real time

(05.11.2018) Influenza A Virus (IAV) causes respiratory disease in swine and is a zoonotic pathogen. Uncontrolled IAV in swine herds not only affects animal health, it also impacts production through increased costs associated with treatment and prevention efforts.

The Iowa State University Veterinary Diagnostic Laboratory (ISU VDL) diagnoses influenza respiratory disease in swine and provides epidemiological analyses on samples submitted by veterinarians.

To assess the incidence of IAV in swine and inform stakeholders, the ISU FLUture website was developed as an interactive visualization tool that allows the exploration of the ISU VDL swine IAV aggregate data in the clinical diagnostic database.


The information associated with diagnostic cases has varying levels of completeness and is anonymous, but minimally contains: sample collection date, specimen type, and IAV subtype. Many IAV positive samples are sequenced, and in these cases, the hemagglutinin (HA) sequence and genetic classification are completed.

These data are collected and presented on ISU FLUture in near real-time, and more than 6,000 IAV positive diagnostic cases and their epidemiological and evolutionary information since 2003 are presented to date.

The database and web interface provides rapid and unique insight into the trends of IAV derived from both large- and small-scale swine farms across the United States of America.

ISU FLUture provides a suite of web-based tools to allow stakeholders to search for trends and correlations in IAV case metadata in swine from the ISU VDL.

Since the database infrastructure is updated in near realtime and is integrated within a high-volume veterinary diagnostic laboratory, earlier detection is now possible for emerging IAV in swine that subsequently cause vaccination and control challenges.

The access to real-time swine IAV data provides a link with the national USDA swine IAV surveillance system and allows veterinarians to make objective decisions regarding the management and control of IAV in swine. The website is publicly accessible at http://influenza.cvm.iastate.edu .

Publication

ISU FLUture: a veterinary diagnostic laboratory web-based platform to monitor the temporal genetic patterns of Influenza A virus in swine
Zeller et al.
BMC Bioinformatics (2018)
DOI: 10.1186/s12859-018-2408-7



Weitere Meldungen

KAPPA-FLU-Konsortium

Was steckt hinter der Dynamik der Vogelgrippe?

KAPPA-FLU-Konsortium gestartet; noch nie hat das hochpathogene aviäre Influenzavirus (HPAIV) des Subtyps H5 in einem solchen Ausmaß zirkuliert und so viele Spillover-Infektionen bei Säugetieren verursacht
Weiterlesen

D-Segmentierung verschiedener Strukturen; Bildquelle: Petr Chlanda

Das Virus in eine Falle locken

Heidelberger Forscher beschreiben Mechanismen, die bei der Verhinderung von Infektionen durch Influenza-A- und Ebola-Viren eine Rolle spielen könnten
Weiterlesen

Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn

Neuer Wirkstoff hemmt Influenza-Virus-Replikation

Viren nutzen das molekulare Repertoire der Wirtszelle, um sich zu vermehren
Weiterlesen

Elanco Webinar

Kostenloses Webinar: 1 Jahr ASP in Deutschland – ein Rück- und Ausblick

Einladung zum kostenlosen Webinar der Elanco Nutztierakademie für Tierärztinnen und Tierärzte am Mittwoch, 15. September 2021, 19 Uhr
Weiterlesen

Stiftung Tierärztliche Hochschule Hannover (TiHo)

Influenza in der Schwangerschaft begünstigt erhöhte Infektanfälligkeit der Nachkommen

Die nun in „Nature Communications“ erschienene Studie zeigt mittels eines neuen Two-Hit-Mausmodells, dass eine moderate Influenza in der Schwangerschaft die Infektanfälligkeit der Nachkommen gegenüber anderen Viren sowie Bakterien besonders im frühen Leben erhöht
Weiterlesen

EFSA

Afrikanische Schweinepest (ASP): Risiken durch Futtermittel, Einstreu und Transport

In den jüngsten Empfehlungen der EFSA zur Afrikanischen Schweinepest wird das Risiko der Einschleppung des Virus in nicht betroffene Regionen der EU über Übertragungswege untersucht.
Weiterlesen

TiHo

Pestiviren: Wie erobert ein Virus erfolgreich die Wirtszelle?

TiHo-Forschende zeigen in zwei Studien Mechanismen, wie Pestiviren in Zellen ihrer Wirte eindringen
Weiterlesen

Pferd

Influenzaschutz beim Pferd – ist eine Stammdiskussion überfällig? 

Die Equine Influenza (EI) ist eine hoch-ansteckende Atemwegserkrankung, gegen die man am besten mit regelmäßiger Impfung vorbeugen kann
Weiterlesen


Wissenschaft


Universitäten


Neuerscheinungen